私人醫療院所各項會計憑證之保存，得比照稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第27條第2項規定辦理，於當年度綜合所得稅結算申報經主管稽徵機關調查核定後，除應永久保存或有關未結會計事項者外，得報經主管機關核准後，以縮影機或電子計算機磁鼓、磁碟、磁片、磁帶、光碟等媒體，按序縮影或儲存後保存5年，其原始憑證得予銷燬。但主管機關或財政部指定之調查人員依法進行調查時，如須複印憑證及有關文件，該醫療院所應負責免費複印提供。
（財政部88.3.3台財稅第881902265號函）
（執行業務者帳簿憑證設置取得保管辦法第13條）
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